Институт исследований мозга Аллена сегодня объявил о выпуске новых данных, инструментов для анализа этих данных и новой веб-программы трехмерного просмотра для изучения анатомии и связей в мозге мыши, Allen Brain Explorer. Сегодняшний выпуск данных почти удваивает количество клеток мыши в базе данных типов клеток Аллена, увеличивая включенное число с чуть более 1000 до немногим более 1900 клеток, а также добавляет новую информацию о нейронных связях в Атлас связности мозга мышей Аллена и добавляет больше данные одноклеточной транскриптомики из клеток мозга мыши, человека и макака.
Рост наборов данных, содержащихся в Атласе мозга Аллена, позволяет исследователям из Института исследований мозга Аллена и в более широком сообществе нейробиологов классифицировать клетки мозга по различным категориям, что помогает исследователям больше узнать о мозге млекопитающих и его разнообразии, что является частью постоянных усилий. создать “периодическую таблицу” типов клеток мозга. По мере того, как накапливается больше данных, эти классификации обеспечивают более подробное описание клеточной сложности, сказал Дэвид Фенг, доктор философии.D., заместитель директора по технологиям в Институте исследований мозга Аллена.
«Мы используем различные аспекты клеток – их генную активность, их форму, куда они отправляют информацию, их электрическое поведение – чтобы создать классификации, которые имеют биологическое значение», – сказал Фэн. “Понимание свойств клеток мозга – важный шаг к пониманию того, как работает мозг.”
Поскольку мозг настолько сложен, исследователям из Института исследований мозга Аллена необходимо собрать большие объемы данных из десятков тысяч клеток мозга, чтобы надежно отсортировать различные клетки по категориям и начать понимать, что означают эти категории.
В дополнение к новым данным о клетках мозга мышей, сегодняшний выпуск включает данные на уровне отдельных клеток из мозга человека и макака в рамках совместных проектов с командами из UW Medicine и Шведского института нейробиологии. Эти ценные наборы данных позволяют исследователям понять различия между мозгом человека и животных, которые используются для моделирования человеческих заболеваний.
«Заболевания, поражающие мозг, могут возникать в определенной части мозга или даже в определенном типе клеток», – сказал Босилька Ташич, доктор философии.D., заместитель директора отдела молекулярной генетики в Институте исследований мозга Аллена. «Чтобы знать, где начинается болезнь – и, в конечном итоге, как ее лечить, – мы должны понимать отдельные строительные блоки мозга.”
Сегодня также отмечается бета-версия двух новых инструментов анализа данных. Один из них, Allen Brain Explorer, представляет собой веб-приложение, которое позволяет пользователям визуализировать анатомию мозга мыши и возможности подключения в трехмерном формате. Ранее этот инструмент был доступен только как настольное приложение; теперь пользователи могут получить доступ к проводнику через свои веб-браузеры. Второй инструмент, называемый RNA-Seq Data Navigator, позволяет исследователям визуализировать категории клеток мозга на основе паттернов сходства их генов. Эти приложения для анализа открытых данных дополняют обширный набор инструментов, который врачи и нейробиологи по всему миру могут использовать бесплатно.