С появлением на горизонте целевых методов лечения лимфомы становится все более важным дифференцировать два основных подтипа диффузной крупноклеточной B-клеточной лимфомы (DLBCL), которая является наиболее распространенной неходжкинской лимфомой. Это зародышевый центр, B-клеточный (GCB) и активированный B-клеточный (ABC), которые различаются по ведению и результатам. В отчете The Journal of Molecular Diagnostics описывается использование обратной транскриптазы?анализ мультиплексной лигирования-зависимой амплификации зонда (RT-MLPA) для дифференциации подтипов DLBCL. RT-MLPA так же точен, как и текущая золотая стандартная технология, и предлагает такие преимущества, как простота, гибкость, короткое время выполнения работ, низкая стоимость и эффективность.
«Различия в прогрессировании заболевания и клинических исходах можно, по крайней мере частично, объяснить гетерогенностью лимфомы, которую можно разделить на два основных подтипа с разными исходами. К сожалению, эти лимфомы морфологически неразличимы при рутинной диагностике, что является серьезной проблемой для разработки таргетных методов лечения. Кроме того, профилирование экспрессии генов на основе массивов (GEP), которое считается золотым стандартом для различения этих опухолей, остается плохо переносимым в рутинную диагностику, а предложенные суррогатные иммуногистохимические (IHC) алгоритмы часто считаются недостаточно надежными », – пояснил ведущий исследователь Филипп Румини, доктор философии, Центр Анри Беккереля, Институт исследований и инноваций в биомедицине, Руанский университет (Франция).
Исследователи оценили простой и быстрый анализ RT-MLPA. Они проанализировали биопсию лимфатических узлов у 259 пациентов с de novo DLBCL, в том числе 195 пациентов из Центра Анри Беккереля и 64 пациентов из внешней группы (Ассоциация изучения лимфомы).
Анализ RT-MLPA сравнивали с методом золотого стандарта для различения двух подтипов лимфомы. В обучающей серии из 50 случайно выбранных случаев DLBCL новый метод классифицировал 90% случаев на ожидаемые подтипы (20 GCB и 25 ABC), тогда как 10% считались неклассифицируемыми. Во второй серии независимых проверок 93% из 65 образцов были правильно классифицированы с помощью RT-MLPA.
Исследователи также показали, что RT-MLPA чувствительна к анализу архивных образцов тканей, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE). Сравнение образцов парных замороженных биопсий и биопсий FFPE показало, что анализ RT-MLPA правильно классифицировал 89.3% из 28 случаев. «Поскольку для RT-MLPA требуются только короткие фрагменты кДНК для правильного связывания и лигирования ген-специфических олигонуклеотидных зондов, на нее в меньшей степени влияет использование низких концентраций РНК и деградация РНК. Таким образом, его можно использовать для ретроспективного анализа архивных коллекций и для включения пациентов в проспективные клинические испытания, потому что только несколько учреждений обычно собирают замороженный биопсийный материал », – отметил доктор. Румины.
Чтобы оценить прогностическую ценность теста, исследователи изучили выживаемость 135 пролеченных пациентов с лимфомой, диагностированных в период с 2001 по 2011 год. Они обнаружили, что пациенты с подтипом ABC с помощью анализа RT-MLPA имели значительно худшую выживаемость без прогрессирования и общую выживаемость, чем пациенты с подтипом GCB. Они также обнаружили, что экспрессия нескольких отдельных генов в сигнатуре MLPA в значительной степени связана с прогнозом (например, высокий уровень LMO2, высокий уровень BCL6 и низкий уровень экспрессии TNFRSF13B).
«Надежный и экономичный анализ RT-MLPA может дать результаты в течение одного дня и требует реагентов, стоимость которых составляет менее 5 долларов США за образец. Поскольку RT-MLPA использует материалы и оборудование, которые являются стандартными для многих лабораторий, этот процесс может быть легко реализован для повседневного использования », – заявил д-р. Румины.